Lokal

Kerja sama yang dijalin oleh LPKIPI dalam lingkup Lokal antara lain adalah dengan Pemerintah Provinsi, Kabupaten/Kota di Jawa Timur untuk bidang Pendidikan Dasar dan Menengah, lembaga Pendidikan Manajemen Pendidikan, dan lembaga-lembaga pendidikan swasta.

Nasional

Secara Nasional, LPKIPI menjalin kerja sama dengan Kementerian Pendidikan dan Kementrian Agama, Kementerian Dalam Negeri, Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS), Kementrian Sosial dan Peranan Wanita. Selain itu juga pernah menjalin kerjasama dengan Dinas Pendidikan di Propinsi Jawa Timur, Kalimantan Timur, Papua Barat, NTT, NTB, Naggro Aceh Darussalam, Sulawesi Selatan dan Gorontalo.

Internasional

Sementara untuk kerja sama secara International, LPKIPI bekerja sama pada lembaga-lembaga yang bergerak pada bidang pendidikan/NGO yang berada di antara lain: UNESCO, UNICEF, RTI (Riset Triangle Institute US), WVI (World Vision International), Save The Children, CEPA Australia, AIBEP Australia, AED USA, ADB.